Počeci knjižnice Franjevačke teologije u Sarajevu datiraju u zadnja desetljeća osmanske vladavine u Bosni, u 19. st., u vremenu dok su se franjevački kandidati školovali izvan Bosne. Od tada se bilježe prve knjiške akvizicije, koje će tvoriti jezgru buduće knjižnice ove ustanove
Knjižnica Teologije nadživjela je više država i režima, preživjela dva svjetska rata, iz godine u godinu postajući bogatija za koju stotinu novih djela. Knjižnica je pred zadnji rat imala brojne naslove iz različitih područja znanosti i kulture, pa je poduzeta opsežna akcija uvezivanja kako starijih knjiga, tako i periodičnih publikacija. Mnogo je urađeno, ali posao je prekinut zbog početka rata.
Srpske vojne snage su zaposjele zgradu Teologije u lipnju 1992. i sa sobom odnijele sve knjige iz knjižnice. Teologija je u ratnim okolnostima bila izmještena u Samobor, u Hrvatskoj, gdje je djelovala 1992.-1997. Kroz to vrijeme radilo se na obnovi knjižnice, odnosno na stvaranju posve nove, budući da je Teologija faktički ostala bez ijedne knjige. Na početku se išlo na organizirano traženje najpotrebnijih knjiga, a onda je zahvaljujući brojnim prijateljima i darovateljima počeo pritjecati njih sve veći broj, tako da je knjižnica kroz 5 godina narasla na oko 20.000 svezaka. Dio knjiga, osobito važnih novih naslova, nabavljali smo sami prema vlastitim mogućnostima.
S tim darovanim i kupljenim knjigama iz Samobora vratili smo se u Sarajevo u rano proljeće 1997. Sve do 1999. nije bilo pouzdanih vijesti gdje se nalazi predratna knjižnica Teologije i je li uopće sačuvana, a onda smo saznali da su knjige iz naše knjižnice smještene u zgradi srpske Matične biblioteke u Lukavici kod Sarajeva. Knjižničar fra Velimir Valjan, uime Teologije, i predstavnik Ureda FBiH posjetili su 18. X. 1999. srpsku Matičnu biblioteku u Lukavici i uvjerili se iz prve ruke da su knjige sačuvane i tom prigodom im je obećano da će knjige biti vraćene. Prijevoz knjiga na Teologiju je završen 18.-24. I. 2000. Računa se da je vraćeno negdje oko 25-30.000 knjiga. Povelik broj knjiga nažalost nije vraćen na Teologiju i nema informacija što je s njima. Ipak, Franjevačka je teologija opet, velikim dijelom, u posjedu svoga knjižnoga blaga koje se iz dana u dan umnožava i koristi svim zainteresiranim posjetiteljima naše knjižnice.
Knjižnica danas
Knjižnica danas broji oko 42.500 naslova (prema podacima s kraja školske god. 2009/2010. imala je 42.337 naslova), uz impozantnu brojku od skoro 700 periodičnih publikacija (časopisa, listova, revija) na hrvatskom, njemačkom, engleskom, francuskom, talijanskom.
Za knjižnicu se brine netko od profesora Franjevačke teologije, a pomažu mu svaki semestar po dvojica studenata. Radno vrijeme knjižnice je od ponedjeljka do četvrtka u terminu 13-14h, te subotom ujutro u terminu 9-10h. Knjižnica je otvorena za sve zainteresirane posjetitelje. Sve su knjige iz knjižnice katalogizirane u Mrežnom informacijskom sustavu ZAKI u koji je uključeno i 50-ak knjižnica u Republici Hrvatskoj. Glavne značajke sustava ZAKI su kooperativna katalogizacija, lak pristup informacijama o knjigama, laka kontrola i stalna tehnička podrška koja osigurava cijeli sustav. Uključivanjem u sustav ZAKI dobili smo i vlastiti WebPAC, tako da je danas moguće preko interneta pretraživati knjižni fond naše knjižnice (fts.zaki.com.hr).
U planu je gradnja nove knjižnice, koja bi bila prostorno veća i prikladnija od sadašnje.
